Szymon urodził się ok. 1440 roku w Lipnicy Murowanej (na terenie diec. tarnowskiej). Jego rodzice Grzegorz i Anna nie byli zbyt zamożnymi ludźmi, ale zadbali i wykształcenie syna. Jego ojciec był piekarzem. Szymon od dziecka pomagał ojcu, sprzedawał pieczywo, jednak uboższym ludziom rozdawał je za darmo. Gdy miał ok. 14 lat wysłano go do Krakowa. Tam studiował geometrię, arytmetykę, astronomię, muzykę w Akademii Krakowskiej. Po 3 latach studiów uzyskał tytuł bakałarza (dzisiejszy licencjat), jednak nie kontynuował nauki, ale wstąpił do nowo powstałego Zakonu OO. Franciszkanów - Bernardynów w Krakowie.

Po odbyciu odpowiedniej formacji złożył śluby zakonne, i przyjął święcenia kapłańskie w wieku ok. dwudziestu kilku lat. Krótko był w klasztorze w Tarnowie, resztę życia przeżył w Krakowie. Głosił tak mądre a równocześnie proste i porywające kazania, że przyczynił się nie tylko do nawrócenia wielu ludzi, ale został zaproszony do głoszenia kazań królowi w katedrze na Wawelu – był kaznodzieją królewskim – to był wielki zaszczyt i wyróżnienie. Kazania głoszono wtedy w jęz. łacińskim, takie wyróżnienie świadczyło o jego wykształceniu i umiejętności głoszenia kazań. Pod wpływem jego kazań wielu młodych mężczyzn wstąpiło do klasztoru. Głosił kult Najświętszego Sakramentu, Imienia Jezus i Matki Bożej. Słynął z wielkiej surowości życia. Zajmował się też przepisywaniem starych ksiąg. Od lipca 1482 do 6 stycznia 1483 w Krakowie epidemia cholery zbierała śmiertelne żniwo. Wraz z innymi zakonnikami opiekował się chorymi, pielęgnował, udzielał sakramentów św., grzebał umarłych. Zaraził się przy tej posłudze. Zmarł po 6 dniach choroby ok. godz. 15, 18 lipca 1482 roku, miał ok. 42 lata. Pogrzebany był tego samego dnia wieczorem. Zaraz po jego śmierci za jego przyczyną działy się różne cuda.

Beatyfikowany był 16 lutego 1658, a kanonizowany był 3 czerwca 2007 roku. Wtedy papież Benedykt XVI o nim powiedział: „Święty, Szymon z Lipnicy, wielki syn ziemi polskiej i świadek Chrystusa, o duchowości św. Franciszka z Asyżu, żył w odległych czasach, ale właśnie dziś jest dany Kościołowi jako aktualny wzór chrześcijanina, który — zainspirowany duchem Ewangelii — gotów jest oddać życie za braci. Tak też, przepełniony miłosierną miłością, którą czerpał z Eucharystii, nie ociągał się z niesieniem pomocy chorym dotkniętym zarazą, która i jego doprowadziła do śmierci. Dziś w sposób szczególny zawierzamy jego opiece tych, którzy cierpią z powodu ubóstwa, choroby, osamotnienia i niesprawiedliwości społecznej. Przez jego wstawiennictwo prosimy dla nas o łaskę wytrwałej, czynnej miłości do Chrystusa i do braci.”